Financiranje delovanja in aktivnosti Evropske migracijske mreže ter nacionalnih kontaktnih točk deluje po načelu sofinanciranja, ki ga v večjem deležu zagotavlja Evropska komisija na podlagi Odločbe Sveta o ustanovitvi Evropske migracijske mreže (2008/381/ES). Evropska komisija mora vsako leto za delovanje Evropske migracijske mreže in nacionalnih kontaktnih točk zagotoviti evropska sredstva iz katerih se lahko sofinancira največ 80% vseh upravičenih stroškov medtem, ko mora preostalih 20% zagotoviti posamezna država iz lastnega proračuna. Ključ delitve sredstev posameznim državam članicam Evropska komisija določa na podlagi letnega načrta aktivnosti posamezne države članice, ki mora biti usklajen s letnim programu Evropske migracijske mreže, ter na podlagi upoštevanja ostalih kriterijev kot so npr. različen pomen migracijske in azilne problematike v posamezni državi, število prebivalcev ter povprečna plača v državi. Nadziranje porabe evropskih sredstev za izvajanje nalog in aktivnosti posameznih nacionalnih kontaktnih točk se izvaja na podlagi letnega finančnega poročila, ki ga mora prikazati vsaka nacionalna kontaktna točka, potrdita pa Evropska komisija in Usmerjevalni odbor.

S sprejemom novega EU Finančnega okvirja 2014-2020 ter na podlagi Uredbe Evropskega parlamenta in Sveta o ustanovitvi skupnega Evropskega Sklada za azil, migracije in vključevanje, AMIF (2011/751/ES) je Evropska migracijska mreža prešla pod okrilje Sklada AMIF vendar kot samostojni del, kar pomeni, da bo Evropska komisija še naprej v enakem deležu zagotavlja Evropski migracijski mreži in nacionalnim kontaktnim točkam vso potrebno finančno podporo za njihovo delovanje in nadaljnji razvoj ter, da bo “..delovanje Evropske migracijske mreže še naprej potekalo v obliki Svetovalnega sveta Unije za migracije in azil….z namenom zadovoljiti potrebe institucij Unije in držav članic po informacijah o migracijah in azilu….v podporo oblikovanju politik Evropske unije na teh področjih”.

Več informacij o financiranju aktivnosti Evropske migracijske mreže glej Sklad za azil, migracije in vključevanje 2014-2020 (AMIF).